Fondée en 1998 par Jean-Marc Thiallier, l’association Jean-Sébastien Bach en Combrailles a une ambition : construire un orgue à tuyaux, dans l’église de Pontaumur, au cœur des Combrailles. Très vite, l’idée s’est focalisée sur une restitution de l’orgue d’Arnstadt, premier instrument dont Bach fut nommé titulaire en 1703, il était alors âgé de 18 ans. La découverte de cet instrument, récemment restauré dans son état d’origine, a été un « choc » et après une première esquisse, il est apparu que les dimensions de cet orgue d’Arnstadt étaient parfaitement adaptées au volume de l’église de Pontaumur, tant dans son aspect architectural que sonore. L’orgue est réalisé par François Delhumeau.

Parallèlement, et pour que ce projet devienne une évidence aux yeux des partenaires, l’association choisit d’organiser un Festival dédié à la musique de Bach. Le premier a lieu en 1999. L’orgue est inauguré en 2004 posant ainsi les bases du festival.

Après la disparition de son fondateur en 2004 et jusqu’à l’édition 2016, Patrick Ayrton, assure la direction artistique du festival avec la complicité de Gilles Cantagrel, puis en 2017, Vincent Morel est nommé directeur artistique.  Le Festival prend de l’ampleur et réunit désormais chaque année 5000 festivaliers pour 25 événements par édition, devenant aujourd’hui le festival de référence en France pour l’exploration de l’œuvre de Johann Sebastien Bach.

En 2019, le Festival célèbre ses 20 ans. Il passe alors commande à Philippe Hersant d’une cantate, « Nun Komm », pour chœur, orchestre et orgue. Le festival a accompagné plusieurs ensembles dans des projets de créations-résidences, leur donnant ainsi la possibilité d’explorer en profondeur l’œuvre de Bach : l’Escadron Volant de la Reine, l’ensemble Artifices (Alice Julien-Laferrière), Les Timbres, Le Petit Trianon mais aussi une résidence dédiée à l’orgue avec Jean-Luc Ho.